Trong suốt lịch sử của Dòng Tên, họ đã phải trải qua những năm tháng gian khổ.[4] Các năm 1704 và 1742, Giáo hoàng ra lệnh cấm các nghi lễ Trung Hoa, mang nét của thuyết hỗn hợp (syncretism) mà các nhà truyền giáo dòng Tên đã tôn trọng.

Quốc gia châu Âu đầu tiên nỗ lực trục xuất Dòng Tên là Bồ Đào Nha. Vào năm 1758, các tu sĩ Dòng Tên bị quan Tổng trưởng Đế quốc (tương đương Thủ tướng) Sebastião José de Carvalho e Melo gán cho cái tội mưu sát vua José I. Không những thế, Melo còn tiến hành tuyên truyền bài trừ Dòng Tên trên khắp châu Âu, để các nước khác ủng hộ ông ta. Cuối cùng, vào năm 1759, ông ta ban bố sắc lệnh đuổi Dòng Tên ra khỏi Bồ Đào Nha. Không lâu sau, Pháp theo chân Bồ Đào Nha, quan Tổng trưởng Ngoại giao là Công tước Choiseul và ái thiếp của vua Louis XV là Nữ Hầu tước Pompadour chống đối ảnh hưởng của Dòng Tên. Họ gán cho Dòng tội mưu sát vua Louis XV, dù không phải là chủ mưu.[4] Họ bị những người theo thuyết Giansêniô (Jansénisme) và các triều thần tấn công, rồi bị cấm và bị trục xuất khỏi Pháp năm 1763-1764, khoảng 200 trường của họ bị đóng cửa. Theo gót Pháp, vua Tây Ban Nha là Carlos III đã trục xuất Dòng Tên ra khỏi đất nước (1767), không những thế, ông ta còn đuổi các tu sĩ Dòng Tên ra khỏi ra khỏi xứ Napoli (1767) và xứ Parma (1768) - những xứ nằm dưới quyền thống trị của thân quyến của ông ta.[4]

Cuối cùng, vào năm 1773, Giáo hoàng Clêmentê XIV - trước áp lực quá lớn của các nền quân chủ Pháp, Tây Ban Nha và Napoli, phải quyết định bãi bỏ Dòng Tên. Nữ hoàng Áo là Maria Theresia bất đắc dĩ thi hành mệnh lệnh.[4] Lệnh của Giáo hoàng chỉ không có hiệu lực ở hai nước Phổ và Nga - các nền quân chủ phi Công giáo và không chịu ảnh hưởng của thế lực Giáo hoàng. Vua Phổ là Friedrich II Đại Đế đang thực hiện chính sách khoan dung tôn giáo,[6] không những thế ông còn đề cao nền tri thức của Dòng Tên. Vị vua này đã gây bất ngờ đối với trào lưu triết học Khai sáng tiến bộ thời đó.[7] Tương tự, Nữ hoàng Nga là Ekaterina II Đại Đế cũng tôn trọng tài năng xuất sắc của các tu sĩ Dòng Tên, bà cho rằng họ sẽ giúp ích cho nền văn hóa nước nhà.[4]

Nhờ có Quốc vương Friedrich II Đại Đế và Nữ hoàng Ekaterina II Đại Đế mà Dòng Tên vẫn còn tồn tại được. Dòng Tên được Giáo hoàng Piô VII tái lập vào năm 1814,[4] tuy nhiên các cuộc công kích họ vẫn tiếp tục suốt thế kỷ 19:

• Tại Pháp, các tu sĩ dòng Tên[8] bị trục xuất lần nữa vào năm 1880 và lần nữa năm 1901.
• Tại Thụy Sĩ, mãi tới năm 1973 mới bãi bỏ luật cấm các tu sĩ dòng Tên hoạt động. Luật này được ban hành từ năm 1848.

Tuy nhiên các ngăn cấm và chống đối nói trên cũng không ngăn cản được Dòng Tên. Họ đã tái lập các phái bộ truyền giáo ở Bắc Mỹ hoặc ở Madagascar. Họ đã lập các trường đại học trong thế kỷ thứ 19. Họ cũng đã xuất bản các tạp chí tinh thần như "Études", "Christus" và "Projet" ở Pháp, "Relations" ở Quebec (Canada), "la Civiltà Cattolica" ở Ý, "La Nouvelle Revue Théologique" ở Bỉ[9], tuần san "America" ở Hoa Kỳ (từ năm 1909).[10]. Dòng cũng có nhiều cơ sở giáo dục ở Pháp và có cả các đại học riêng về thần học và triết học ở Centre Sèvres, Paris và ở Brussel[11]. Sau Chiến tranh thế giới thứ hai họ cũng tới Tchad và trở lại Nhật Bản.